在WB样本制备的过程中，细胞被充分裂解，各种蛋白酶都会被释放出来，造成蛋白质水解。目标条带拖尾或者完全检测不到。因此，在蛋白质提取过程中，需要加人蛋白酶抑制剂以防止蛋白质水解以保持蛋白质的完整性。

1、苯甲基磺酰氟化物( PMSF)

最常见的蛋白酶抑制剂，很多公司的RIPA裂解液会搭配一管这个。抑制丝氨酸蛋白酶(如胰凝乳蛋白酶、胰蛋白酶、凝血酶)和巯基蛋白酶(如木瓜蛋白酶)，不抑制金属蛋白酶及大部分半胱氨酸蛋白酶和天冬氨酸蛋白酶。它在水中极不稳定，需要现用现配。

2、乙二胺四乙酸钠( EDTA-Na2 )

 抑制金属蛋白水解酶，这类酶需要结合二价金属离子才能发挥作用，而edta是非常好用的二价金属离子螯合剂。性质稳定，在碱性条件下有较好的溶解度

3.胃蛋白酶抑制剂

抑制酸性蛋白酶(如胃蛋白酶)、血管紧张肽原酶、组织蛋白酶L和凝乳酶;4℃仅能稳定一周。

4.亮抑蛋白酶肽

抑制丝氨酸和巯基蛋白酶，如木瓜蛋白酶、血浆酶和组织蛋白酶B;4℃仅能稳定一周。

5、胰蛋白酶抑制剂

抑制丝氨酸蛋白酶( 如血浆酶)、血管舒缓素、胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶;PH>12.8失活

6.抑胃肽

抑制天冬氨酸蛋白酶(如胃蛋白酶)、肾素、组织蛋白酶D、凝乳酶和很多微生物的酸性蛋白酶,不溶于水

7、胱蛋白酶抑制剂

抑制半胱氨酸蛋白酶，如木瓜蛋白酶、无花果蛋白酶、组织蛋白酶B和二肽酰肽酶;

目前也有很多商品化的产品是多种蛋白酶抑制剂的混合物，有效抑制多种蛋白酶的降解。并且做成药片装（一片加入50ml的RIPA中）或者即用型的液体（1ml加入100ml的RIPA），使用起来也很方便。